​Kubo vive com sua mãe em uma cidade litorânea do Japão. Ao contar uma história, acidentalmente invoca um vingativo espírito mítico do passado, que faz com que todos os deuses e monstros o persigam. Para sobreviver, Kubo terá de encontrar a armadura mágica que foi usada pelo seu falecido pai, um lendário guerreiro samurai, e salvar sua família. Aos poucos, ele vai conhecendo os mistérios que envolvem seu pai. Nessa jornada, conta com a ajuda de Monkey e Beetle, e usa um instrumento musical mágico chamado shamisen para lutar contra seus adversários Moon King e as Irmãs.​